中国病毒追踪者：2万头猪暴亡 爆发在首例非典附近

　　原标题：中国病毒追踪者：2万头猪因蝙蝠暴亡，爆发地在首例非典附近

　　记者 贺梨萍 实习生 杨雪萍

　　2002年，首例SARS（严重急性呼吸道综合征，又称“非典”）爆发于广东佛山。15年之后，在距离佛山100多公里的清远的某个养猪场内，开始爆发一场严重的猪疫情，小仔猪在这场疫情里尤为脆弱，发病2天后即会死亡。

　　相关人员针对这些死猪检测了所有已知的病毒后，均显示为阴性，这让人开始意识到：或许是一种未知的新疫情已经到来。与此同时，养猪场附近发现有蝙蝠出没，它们飞翔在上空，对猪场“投下”粪便，然后飞回栖息地。而栖息地或许正位于猪场附近的山丘里。

　　这则新疫情最后的破解者是中国SARS病毒的源头攻克团队。中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽是团队负责人之一， “我们通过这项工作想提示一下，无论是养殖业还是公共卫生，我们都要提前去预防由这些野生动物传到人类社会的这些病原，完全可以避免传染病的大规模爆发。”

　　石正丽等人在2005年曾在菊头蝠身上找到了和SARS病毒相似的冠状病毒，并于当年将成果刊发于《科学》（Science）。2017年，石正丽等人终于在13年之后，在云南昆明地区一个小山洞里的蝙蝠身上发现了SARS病毒所有基因组成，基本完成了对SARS病毒的溯源工作。而此前一度被认为是SARS“罪魁祸首”的果子狸实际上只是中间宿主，并非病毒源头。

　　破解最新这一疫情的成果于北京时间4月5日凌晨在线发表在顶级学术期刊《自然》（Nature）。论文的并列第一作者、中科院武汉病毒研究所研究员周鹏在接受（）采访时表示，“我们通过高通量测序后发现，这是一种新的病毒，和来源于蝙蝠的HKU2官网病毒有95%的同源性，大家才意识到，这可能真的是来源于蝙蝠的一种病毒。”

　　值得一提的是，得益于此前十余年的SARS研究，该成果前后只花了2个多月的时间。通讯作者之一、杜克-新加坡国立大学医学院新发突发传染病研究所所长王林发提到，“这得益于大合作。”王林发表示，任何单独一个组都无法快速完成这所有的工作。除石正丽、王林发，该论文的通讯作者还包括美国生态健康联盟（EcoHealth Alliance）主席Peter Daszak、军事医学科学院微生物流行病研究所童贻刚、华中农业大学动物科学学院马静云。

　　4个养猪场爆发疫情

　　2016年10月28日起，广东清远的一处养猪场开始爆发致命的猪疫情。随后，在距离该养猪场20-150千米范围内的另外3个农场中也相继爆发了该疫情。

　　截至2017年5月2日，差不多半年时间内，该疫情共计导致了4个养猪场中24693头仔猪的死亡。在A农场里，2月份出生的仔猪有64%（4659/7268）最终病死。

　　而最先爆发疫情的养猪场此前已经因猪流行性腹泻病毒（PEDV，一种冠状病毒）爆发过疫情。论文中提到，最初在死猪的肠里发现PEDV病毒，然而2017年1月12日之后，小死猪的肠里再也检测不到PEDV。

　　尽管死猪在急速增加，“但检测了所有已知的病毒，显示全部都是阴性的。”周鹏提到。这些信息都在提示，这次疫情爆发是一种新的疾病。这一新的疫情最终被命名为猪急性腹泻综合征（SADS）。

　　该疫情的临床症状和其他已知的肠道冠状病毒引起的疫情相似，包括急性腹泻、急性呕吐。刚出生的仔猪在这场疫情面前尤其脆弱，出生5天以内的仔猪会因体重快速下降而在发病2-4天后即死亡。

　　相比之下，随着仔猪逐渐长大，存活几率会大增。5天或更小仔猪发病后的死亡率高达90%，在8天或更大的仔猪身上，这一死亡率就可下降到5%。同样感染病毒的母猪生存几率则更大一些，只会表现出轻微腹泻，大多在2天后即恢复。

　　论文中提到，疫情已经减弱。研究人员用将生病母猪和仔猪从猪群中隔离出来等措施来控制疫情。

　　SADS冠状病毒导致疫情

　　基于SADS是一种未知病毒引起的新疫情这点假设，研究团队开始正式解谜。

　　研究团队从患病仔猪小肠中收集样本，用高通量测序技术来进行宏基因组学分析。最终发现，SADS冠状病毒和蝙蝠冠状病毒HKU2序列匹配。通过重新组装，研究团队获得了27173bp的SADS冠状病毒基因，和HKU2冠状病毒有95%的序列一致性。HKU2首先发现于香港和广东的中华菊头蝠中。

　　研究团队发现，在4个养猪场的急性病仔猪和母猪身上均检测到了SADS冠状病毒，在恢复或健康的猪身上则没有，在附近没有SADS迹象的养猪场里也没有检测到。

　　回顾性PCR分析显示，在PEDV爆发的时候，A农场里还同时存在SADS冠状病毒，该农场里于2016年12月提取的第一个样本表现出SADS冠状病毒强阳性。但从2017年1月中旬开始，SADS冠状病毒成为了病猪里检测到的主要病毒。

　　研究团队认为，在PEDV感染完全检测不到后出现了仔猪的大规模死亡这一事实，暗示是SADS冠状病毒引起了猪的致命感染，是那些大规模疫情爆发的真正原因，PEDV则不是直接因素。

　　在SADS爆发高峰期、以及爆发后期，4个养猪场里都没有检测到PEDV和其他已知的猪腹泻病毒的存在，这些都支持了上述结论。

　　来源于菊头蝠

　　值得注意的是，尽管如前所述，SADS冠状病毒和 HKU2冠状病毒全基因组的一致性达到95%，但刺突蛋白基因序列的一致性仅86%。

　　刺突蛋白是什么？周鹏对解释，“冠状病毒都是用刺突蛋白来入侵细胞，就像‘钥匙’和‘锁’一样，它依赖于刺突蛋白和细胞表面的受体结合，然后才能进入细胞，成功感染，但如果这个刺突蛋白变异很大的话，它就不能利用受体了。”

　　周鹏强调，“基于这样的原因， 86%一致性这样的数据，我们认为SADS冠状病毒和 HKU2冠状病毒关系还不是最直接的。我们之前有做SARS经验，最终发现跟SARS的刺突蛋白一致性达到97%、98%这个样子，才能够直接利用人的受体，感染成功。”

　　基于这个理论，研究团队继续找其他来源于蝙蝠的冠状病毒。

　　研究团队随后筛选了团队在2013年至2016年从广东省的7个不同地点采集的591个蝙蝠肛门拭子。肛门拭子即用棉签在蝙蝠的肛门处掏一下，而取样时间则一般在每年的春季和秋季。

　　团队筛选后发现，58（9.8%）个蝙蝠肛门拭子样本显示出阳性，且都来源于中华菊头蝠。菊头蝠因有结构复杂的马蹄形鼻叶而得名，也是SARS等许多动物源病毒的重要宿主。

　　高通量测序则得出，这种来源于中华菊头蝠中的冠状病毒（暂时称“SADSr冠状病毒”）和SADS冠状病毒在大小（27.2kb）上近似，总体序列一致性在96%-98%之间。

　　更重要的是，两者刺突蛋白（样本分别为162149和141388）的序列一致性超过了98%。

　　周鹏提到，“我们目前的结论是，后来在蝙蝠中发现SADSr冠状病毒可能是病猪中发现的这个新病毒SADS冠状病毒的祖先，但同样直接来源于蝙蝠中的HKU2冠状病毒和SADSr冠状病毒可能来源于一个祖先。”